اولین دوره رتبهبندی جامع علمی دانشگاهها و دانشکدههای علوم پزشکی کشور موسوم به رعد ۱۴۰۰، با همکاری و مشارکت سه معاونت فرهنگی و دانشجویی، آموزشی و تحقیقات و فناوری وزارت بهداشت به سرانجام رسید و در نهایت نتایج این رتبهبندی اعلام و به دانشگاهها و دانشکدههای علوم پزشکی ابلاغ شد بر این اساس دانشکده علوم پزشکی مراغه ، در بعد ماموریت گرایی ، سرآمدی و مرجعیت رتبه اول را کسب کرد.
به گزارش مفدا مراغه، در این رتبهبندی تلاش شد تا با دیدگاهی تلفیقی نسبت به فعالیتهای دانشگاهی، علاوه بر شاخصهای آموزشی و پژوهشی، برای نخستین بار شاخصهای حوزه فرهنگی و دانشجویی نیز مدنظر قرار گیرد چرا که امروزه با ظهور دانشگاههای نسل جدید، دانشگاهها علاوه بر اهتمام و رقابت برای کسب جایگاههای کیفی در آموزش و پژوهش و فناوری، تلاش میکنند بامعرفی و ارائه کیفیت بالایی از فرهنگ دانشگاهی، رضایت دانشجویان و دانشگاهیان را نیز تضمین کنند و در نهایت دانشگاه های علوم پزشکی کشور با استفاده از ۱۱۲ شاخص در ۶ وجه تعالی آکادمیک مورد ارزیابی قرار گرفت که دانشکده علوم پزشکی مراغه در وجوه ماموریت گرایی ، سرآمدی و مرجعیت توانست رتبه اول را کسب کرد. همچنین در جمع بندی کلیه شاخص های دانشکده علوم پزشکی مراغه در بین دانشکده های هم تراز رتبه دوم را کسب کرد
همچنین با توجه به اهمیت نگاه فرا ملی به رتبههای کسب شده توسط دانشگاههای علوم پزشکی کشور در رتبهبندیهای بینالمللی و لزوم مقایسه نتایج رتبهبندیهای بومی ملی با رتبهبندیهای بینالمللی ، شاخص های هر دانشگاه / دانشکده با استفاده از نظامهای اصلی رتبهبندی بینالمللی شامل: THE, ARWU, ISC, Webometrics, ESI, QS, CWTS Leiden مورد ارزیابی قرار گرفت و رتبه بندی بین المللی برای هر دانشگاه محاسبه گردید . و با این نظام رتبه بندی نیز دانشکده علوم پزشکی مراغه رتبه سوم را در بین دانشکده های همتراز کسب کرد.