بعد از جنگ نهروان و سرکوب خوارج، برخی از خوارج از جمله عبدالرحمان بن ملجم مرادی، برک بن عبدالله تمیمی و عمرو بن بکر تمیمی در یکی از شب‌ها گرد هم آمده و اوضاع آن روز و خونریزی‌ها و جنگ‌های داخلی را بررسی کردند و از نهروان و کشتگان خود یاد کردند و سرانجام به این نتیجه رسیدند که باعث این خونریزی و برادرکشی حضرت علی (ع) و معاویه و عمروعاص هستند و اگر این سه نفر از میان برداشته شوند، مسلمانان تکلیف خود را خواهند دانست.
سپس با هم پیمان بستند که هر یک از آنان متعهد کشتن یکی از سه نفر شود. ابن ملجم ملعون متعهد قتل امام علی (ع) شد. برک بن عبدالله تنها توانست معاویه را از ناحیه ران زخمی کند که پس از مدتی درمان شد و بهبود یافت. عمرو بن بکر نیز قاضی شهر را که آن روز به سبب بیماری عمروعاص به جای او اقامه جماعت می‌کرد، به قتل رساند. اما در این میان فقط ابن ملجم ملعون نقشه خود را با موفقیت اجرا کرد.
ابن ملجم پس از گذشت زمانی کوتاه، در سحرگاه نوزدهم ماه مبارک رمضان سال چهلم هجری و در مسجد کوفه، با ضربه شمشیر زهرآلودی، فرق مبارک حضرت امام علی (ع) را در حالی که در محراب عبادت در سجده بودند شکافت، خون از سرش جاری و محاسنش به خون رنگین شد و در این حال فرمودند: «فُزْتُ وَ رَبِّ الْکَعْبَة» (به خدای کعبه، رستگار شدم.)، سپس آیه ۵۵ سوره مبارکه طه را تلاوت فرمودند: «مِنْها خَلَقْناکُمْ وَ فِیها نُعِیدُکُمْ وَ مِنْها نُخْرِجُکُمْ تارَةً أُخْری» (شما را از خاک آفریدیم و به آن بازتان می‌گردانیم و بار دیگر از آن بیرونتان می‌آوریم.)، مردم به سوی ابن ملجم دویدند، ولی هر کس به او نزدیک می‎شد، ابن ملجم با شمشیر خود او را می‌زد. سرانجام قُثَم بن عباس بن عبدالمطلب پسر عموی پیامبر (ص) پیش رفت و او را به زمین کوبید. امام حسین (ع) به اتفاق بنی هاشم، بدن مجروح پدر بزرگوار را بر روی گلیمی، به خانه منتقل کردند.
امیرالمؤمنین (ع) به ابن ملجم اشاره کردند و فرمودند: «اگر من از دنیا رفتم، او را بکشید، همان طور که مرا کشته و اگر سالم ماندم، خودم درباره او تصمیم می‌گیرم.»
قدری شیر برای امام علی (ع) آوردند. امام (ع) کمی از آن نوشیدند و فرمودند: «به زندانی خود نیز از این شیر بدهید و او را اذیت نکنید.»
پزشکان کوفه و از جمله اثیر بن عمرو که از همه ماهرتر بود، به بالین ایشان گرد آمدند. اثیر وقتی زخم سر مبارک امام (ع) را دید، پس از معاینه‌ای گفت: «یا علی (ع)! وصیت‌های خود را بکن، زیرا شمشیر زهرآلود به مغزت رسیده و معالجه مؤثر نیست.»
و بدین ترتیب امام مظلوم شیعیان، امام متقین و پیشوای آزادگان (ع) در شب بیست و یکم همان ماه و در سن ۶۳ سالگی، پس از سال ها خدمت به دین خدا، مردم و برای سعادت بشریت و تحمل مظلومانه رنج ها، مصائب، بی‎مهری‎ها و پیمان‎شکنی‎ها، به فیض شهادت رسیدند.
حضرت امام علی (ع) در واپسین لحظات زندگی نیز به فکر صلاح و سعادت مردم بود و به فرزندان و بستگان و تمام مسلمانان چنین وصیت فرمودند: «شما را به پرهیزکاری و به نظم در کارها سفارش می‌کنم و اینکه همواره در فکر اصلاح بین مسلمانان باشید. یتیمان را فراموش نکنید، حقوق همسایگان را مراعات کنید. قرآن را برنامه عملی خود قرار دهید. نماز را بسیار گرامی بدارید که ستون دین شماست.»
غسل و تکفین امام علی (ع) بر اساس سفارش آن حضرت (ع) توسط دو فرزند گرامیشان امام حسن (ع) و امام حسین (ع) انجام شد. سپس جنازه مطهر آن حضرت (ع) را به سوی سرزمین «غری» (نجف اشرف) بردند و در آنجا ـ در کنار مرقد حضرت آدم (ع) و حضرت نوح (ع) از انبیای الهی ـ دفن و بر اساس وصیت خود آن حضرت (ع)، قبر شریفشان را پنهان فرمودند.
مرقد مطهر امام علی (ع) همچنان مخفی بود، تا اینکه با از میان رفتن بنی امیه و رفع خطر خوارج در زمان بنی عباس، توسط حضرت امام جعفر صادق (ع) به شیعیان شناسانده شد.
مضجع شریف و نورانی مولای متقیان (ع) در نجف اشرف هم اکنون مطاف فرشتگان و آسمانیان و زیارتگاه شیعیان و ارادتمندان آن حضرت (ع) می‌باشد.
عبادت و راز و نیاز شایسته به درگاه الهی، تفسیر قرآن کریم و حل مسائل دینی، پاسخ به پرسش‌های دانشمندان ملل و شهرهای دیگر، بیان حکم بسیاری از رویدادهای نوظهور در اسلام، تربیت و پرورش گروهی پاک ضمیر با روح آماده برای سیر و سلوک، سرکشی، دلجویی و یاری یتیمان، ستمدیدگان و مظلومان، کار و کوشش برای تأمین زندگی بسیاری از بینوایان و درماندگان تا آنجا که با دست خویش باغ احداث می‌کرد و قنات و چاه آب حفر می‌نمود و سپس آن‌ها را در راه خدا وقف می‌فرمود، از جمله برنامه‌های حضرت امام علی (ع) در زمان غصب خلافت آن امام همام (ع) و پس از آن بود.