هدف اصلی اداره مشاوره، ارتقاء سلامت روانی دانشجویان و فراهم نمودن امکان شناخت بیشتر از قابلیت‌ها و توانایی‌های خود در جهت خود شکوفایی و توسعه هر چه بیشتر فردی برای مراجعان و ارائه خدمات یاورانه است.
در سطح اول پیشگیری، صرفا آموزش به منظور انتقال دانش و مهارت به دانشجویان دانشگاه در قالب خدمات انسان یاوری و اصول توسعه مهارت‌های زندگی در دوران دانشجویی، نحوه سازگاری و مقابله با عوامل استرس‌زا و افزایش توانایی‌های روانی، اجتماعی دانشجویان و تجهیز آنان به قابلیت‌هایی است که بتوانند با تقاضاها و کشمکش‌های زندگی دانشجویی و دوران بعد از آن سازگارانه عمل کرده و به رشد و تحول و تکامل شناختی، عاطفی، شخصیتی و رفتاری رسیده و الگویی مناسب از سلامت روانی برای جامعه باشند.
در سطح دوم پیشگیری، خدمات یاورانه در قالب خدمات مشاوره‌ای به صورت عام (مشاوره، روانشناسی ،روانپزشکی ،تحصیلی ،مددکاری اجتماعی ،اقتصادی ،حقوقی و مذهبی) به مراجعینی ارائه می‌شود که به دلیل وجود مشکلاتی چون اضطراب، افسردگی، اضطراب امتحان، اضطراب اجتماعی و سایرمشکلات روانشناختی دچار افت عملکرد تحصیلی، خانوادگی یا اجتماعی شده‌اند.
در سطح سوم پیشگیری، نیز ارائه خدمات جهت بازتوانی افرادی است که دچار اختلالات شدید و ناتوانی مداوم شده‌اند. این افراد با دریافت مداخلات روانشناختی و روانپزشکی و مددکاری اجتماعی می‌توانند به رغم وجود بیماری از حداکثر توانایی‌ها و ظرفیت‌های خود استفاده نمایند.